本校遵循教育部發布「學校財團法人及所設私立學校內部控制制度實施辦法」，自99學年度起責成秘書室負責推動各單位建立內部控制制度，經99年10月21日第2屆第4次董事會通過第一版之內部控制手冊，並報請教育部核備。內部控制制度手冊內容包含人事事項、財務事項、營運事項及其他事項之作業程序、內部控制點及稽核作業規範，並明訂內部控制制度之檢查稽核。

　　自100學年度起開始，為檢核內部控制制度之有效程度，衡量學校營運之效果及效率，適時提供改進建議，確保內部控制制度得以持續有效實施，每學年度以任務編組方式組成稽核小組，成員由校長遴選操守公正、忠誠、具有相當學識經歷人員3至5人兼任，並指定其中1人擔任小組召集人，辦理本校稽核業務。

　　104學年度起，在內控訪視委員的建議下，內部控制制度推動及內部稽核，兩業務獨立，分由不同單位負責，內部控制制度推動由秘書室擔任，內部稽核編入行政處，成立稽核組，召集人由行政副校長擔任，稽核委員由校內教師、行政二級主管或資深同仁擔任，並得依需要聘任校外專業人士擔任之。